Hace 95 millones de años, Mesonix, el antepasado de los delfines actuales, apareció en la Tierra. Era un animal terrestre que entró en el agua para alimentarse, tenía extremidades delanteras y traseras con huesos para soportar su peso. Durante los próximos 30 millones años Mesonix comenzó a adaptarse más a la vida en el agua, comenzando el proceso de evolución del delfín. Tal vez las condiciones cambiantes del clima en la tierra solicitaron dicho ajuste en su estilo de vida. Las patas delanteras se convirtieron en aletas pectorales, (La estructura de los huesos de las aletas pectorales de los delfines de hoy es un resto de su vida en la tierra.) y las patas traseras comenzaron a desaparecer. (Hoy en día, el delfín tiene vestigios de las patas traseras en forma de huesos en la pelvis, tal vez los restos de las patas traseras utilizadas para la vida de la tierra, antes de la evolución del delfin.)
Después de millones de años, evolucionó hacia un mamífero modificado por la vida en el mar que respiraba aire se había convertido en el delfín. A diferencia de las focas y morsas que se reproducen en tierra y se alimentan en el agua, los delfines de hoy siguen estando casi totalmente en el agua para todas las funciones de su vida.
El Instituto de Tecnología de Tokio informó recientemente el desarrollo de una nueva manera de observar la historia genética de un animal mediante el seguimiento de ADN. Las secuencias de ADN que estudiaron fueron llamadas elementos cortos intercalados o SINEs, y elementos largos intercalados o LINEs.
Estos elementos, una vez que se encuentran en el genoma de un animal no desaparecen y señalan sus orígenes evolutivos. La evidencia genética de esta tecnología indica que los delfines están estrechamente relacionados con las vacas, antílopes, jirafas y que los cerdos pueden ser sus parientes más cercanos en la evolución, ya que todos tienen los mismos SINEs y LINEs. Las tres cámaras del estómago de un delfín funcionan de la misma manera que las 4 cámaras del estómago de una vaca, quizás proporcionando pruebas adicionales de este vínculo evolutivo.
El trabajo adicional en la genética a lo largo de esta línea se lleva a cabo por el Dr. David Busbee y su equipo de Texas A & M University. Mediante este trabajo es que se ha descubierto que los delfines y los humanos comparten muchas similitudes cromosómicas y que sus genomas son básicamente los mismos. Cada cromosoma en el delfín tiene un cromosoma comparativo en el ser humano.